ヘンリー・シモンズ

ジャックとアンジェラ夫妻の寝室の天井から無残な遺体が見つかる。ジャックたちは通気口からガスを入れられ眠り込んでいた為、侵入者に気がつかなかった。皮膚を剥ぎ、そして花を残す手口からペラントの仕業と推定される。骨の形跡から、被害者は特殊部隊にいたことがわかる。

異星人の記号が街の設計図だとわかり、その街を探すためにコールソンはスカイ、フィッツ、トリプレットを連れてハワイのオアフ島へ向かう。そしてオアフ島の空軍基地のシステムをダウンさせる準備を整えると、次はオーストラリアへ。街を見つけるのに必要な衛星ネットワークはオアフで管理されているが、警備が厳重で侵入できない。そこでオアフがダウンした時に切り替えられるオーストラリアを狙うことにしたのだ。

1945年のオーストリア。のちにヒドラの北米指導者ホワイトホールとなるラインハルト中将は「オベリスク」とその他の品々を運び出そうしていた。だがそこにエージェント･カーター率いるSSRが現れ、すべて押収する。

ジャーインはスカイのガイドとして力のコントロール方法を教え始める。自分の力が単に周囲のものを破壊するだけではなく、万物の周波数に共鳴できることだと知ったスカイはようやく救いを見出すが、それまでの人生のトラウマによって、幸せを期待することができない。誕生日さえ知らないというスカイを不憫に思ったジャーインは、思わず自分が母親だと名乗る。

「シータ･プロトコル」とは新たなヘリキャリアの建造のことだった。これによってウルトロンによる人類滅亡計画を阻止したコールソンはシールド長官の地位を守り、ゴンザレスたちは顧問団としてコールソンに助言を与えることになった。

プエルトリコでスカイに撃たれたウォードは、ホワイトホールを失ったエージェント33に救われ、逃避行を続けていた。ウォードは真意は不明ながら、エージェント33に素顔と自尊心を取り戻させようと計画。エージェント33のナノマスクを巧みに利用して空軍基地に潜入し、洗脳される前のエージェント33を知るバクシを拉致、ナノマスクは外せないもののついに素顔を取り戻す。