デヴィッドを狙う“黒幕”の手先が警察内部にいると気づいたエミリーは、FBI捜査官のケイトを怪しみ始めていた。早速ノーランの力を借り調査に乗り出すが、疑わしい情報は何も見つからない。そこで、ケイトが滞在しているホテルの部屋に侵入したエミリーは、指紋を採取、監視カメラを設置し、彼女を徹底的に追い込む作戦に打って出る。その頃、デヴィッドは、かつての刑務所仲間を訪ね“アトロパ･ベラドンナ”という強力な毒薬を手に入れようとしていた。そしてエミリーに「何が起きても手を出すな」と告げた彼は…。
FBI捜査官アレックスはテロ事件の首謀者という容疑を晴らしたものの解雇され、CIAの諜報員養成機関「ファーム」へ。だがそれは反乱分子を探し出すための潜入捜査で、そこにはFBIの同僚だったライアンも参加していた…。その1年後、G20サミットが開催されるニューヨーク マンハッタンでテロが勃発! 現場にいたアレックスは再び真相解決に奔走することに…。新たな陰謀は、一体誰が、何のために…? ファームでの【現在】と、テロ事件が起きる【未来】が交錯しながら、アレックスが再び陰謀に立ち向かう!
アレックスたちは無事に全員を脱出させることができたが、人質たちの中にはテロリストも紛れていた。途中で行方が分からなくなったダイアナとウィルを捜しに行くと、ついに真犯人が姿を現す! 果たしてハードドライブは無事に回収できるのか?【現在】のファームでは、潜入捜査を続けるアレックスとライアンにミランダから撤退命令が下される。結局AICは存在しないと主張するライアンに、アレックスは1人でも追い続けると言い返す。
【現在】のクワンティコでは、長く過酷な研修を終えたアレックスたちが卒業を迎え、それぞれの思いを胸に新たな一歩を踏み出す。そして【未来】ではついに真犯人の正体が判明! その動機と真の狙い、そして綿密な計画のもとで選んだ最終的なテロの実行場所とは? さらには核爆弾の行方は? アレックスたちは最後の時間との戦いに勝てるのか? そしてすべてが終わったとき、何が明かされるのか?【現在】と【未来】がここでついにつながる!
訓練生が取り組むのは、ストレスのかかる状況で平静を保つ演習。アレックスとライアンはこの機に乗じて盗聴器を仕掛けた人物を探りだそうとする。【現在】のニューヨーク、テロリストグループが人質の交換を申し出る。1,700人あまりの人質と、ハッカーのエリック･ボイヤー1人を交換しようと言いう申し出だった。信用できないという意見を無視してミランダは人質の交換に応じる。この非常事態を終結させる突破口になるかと思われたが…。
