忽然と姿を消したアビゲイル。ヘンリーの最愛の人でもある彼女がかつて使っていた偽名と古い住所が判明する！ヘンリーは仕事を休み、エイブと一緒にアビゲイルの行方を必死に探すのだが…。アビゲイルの失踪に隠された、驚くべき真実が遂に明かされる！
フィンチは彼をハッキングする “ルート” に誘拐されてしまう。フィンチを失ったリースは、必死でフィンチを捜そうとする。はたしてリースは、フィンチのいない状況下で活動を続行できるのか。そんな時にもマシンは機能し、新たな社会保障番号をリースに提示し続ける。
ルートに誘拐されたフィンチが戻ってきたのを機に、リースは再び活動を開始する。復帰後の初仕事は、裕福な家庭の娘･ソフィアを守ること。父親はブラジル外交官で、次期ブラジル大統領選に出馬するとも言われている。リースはソフィアのボディガードになりすまし、それまでで最も手ごわい相手と対決しなければならなくなる。
マシンのおかげで、誘拐されたフィンチを見つけ出すのも時間の問題だが、同時に、ルーツの衝撃的な過去が暴かれる。だが、その間もマシンは絶え間なく未解決事件に関わる人物の社会保障番号をはじき出し、リースはフィンチと誘拐犯にさらに近づいていく。エミー賞俳優マーゴ･マーティンデイルが、ルーツの過去にまつわる女性役でゲスト出演。
ニューヨークを離れる決意をしたリースはイスタンブール行きの飛行機を待っていたが、オーバーブッキングのためローマ経由に変更させられる。リースはすべてがフィンチの仕業だと思っていたが、実は“マシン自身”が操作していたのだった。ローマ便に乗り込んだリースに、マシンから「4C」という謎の指示が届く。飛行機が墜落の危機に陥る中、リースの戦いが再び始まる。
