NY最大の犯罪組織のボス、ダニエル・ルッソの息子ニコラスの射殺体が発見された。現場検証を行うミーガン、トミー、アダム…その時、何者かが近くのビルの屋上から、3人を目掛けて発砲。銃弾を受けたアダムは倒れ込むが、運良く防弾ベストで一命を取り留める。その後、ニコラスの検死を始めたミーガンは、左胸に残った銃弾がアダムを撃った物と同じであることを突き止める。
NCIS本部の爆破を受け、ギブスはハーパー・ディアリングを葬り去るべく捜索を行う。
シーズン6の幕開けでは、ギブスが兵曹の殺害事件を捜査。事件とヴァンス局長によるチーム解散に驚くべき関係があることを知る。
NCISチームは死亡した記者と海軍兵曹につながりがあるかを捜査。一方、ジヴァは2年以上会っていない父親が突然訪ねてきて驚く。
ジヴァはギブスたちと祖国イスラエルに帰るが、モサドのトップで本心を見せない父親との再会は温かいものではない。