ゴードンは、生きながらえてゴッサム・シティに戻ってきたジョナサン・クレインの存在を恐れる。連続強盗事件で使用されたものが、スケアクロウの“恐怖心を増幅させる薬物”だったからだ。一方、街で違法行為の“犯罪許可証”を発行するペンギン。その許可証が、ペンギンのアイスバーグ・ラウンジのオープニング・パーティーで思わぬ面倒を招くことになる。また、ラーズ・アル・グールとの一件の後、ブルースは街の犯罪の監視を始める。
ゴッサム市警の力が健在であることを証明しようとするゴードン。そのためにジョナサン・クレインを捜し出そうとするが、ゴッサム・アサイラムで危険な目に遭う。ゴードンは、収容者たちだけでなく、自分の中に潜む恐怖にも打ち勝たなければならない。一方、予期せぬバーバラの登場に驚くセリーナとタビサは、バーバラの武器ビジネスに加わるかどうか、そのリスクを考えなければならなかった。