海に落下して溶け出した未知の物質“テリジェン”。その物質を含んだフィッシュオイルを多くの人が摂取したことから、世界中で次々と“インヒューマンズ (特殊能力者)”が覚醒していた。世界が混乱し始める中、シールドは彼らの保護に動き出すが、常に“謎の武装集団”に先を越されてしまう。そんなある日、ついに3メートルの距離から金属を溶かす能力を持ったジョーイの保護に成功したシールドは、“謎の武装集団の正体”にも近づくが…。
ウォード殺害の長官命令に失敗したハンターは任務から外される。その代わり、メイがシールドに完全復帰を果たす。復帰の理由はウォードがガーナー博士を殺そうとしたからだ。早速メイはモースを現場に復帰させ、2人で学生アレックスを装っていたウェルナー･フォン･ストラッカーを追う。その時、ウォードの部下たちも多くを知り過ぎたウェルナーを殺そうとしていることが判明。両者に追い詰められた彼は“ある衝撃の事実”を告げる。
新チームの結成を急ぐデイジーは、ある日マックと共に新人勧誘に出かけると、コールソンからインヒューマンズが襲われたという連絡を受ける。2人が現場に駆けつけると、既に被害者3人は死亡しており、以前病院でリンカーンを襲った怪物が再び現れたことがわかる。現場で採取した怪物の毛束をDNA解析した結果、犯人はインヒューマンズと判明。そして被害者のPCを押収すると、元プログラマーのフライという男の存在が浮上する。
ガーナー博士の異変を察したメイは彼を問いただしていた。すると、パニックを起こした博士はメイを拉致し、大学の旧校舎に立てこもり…。その頃、マックは極秘にリンカーンからラッシュの情報を聞き、彼を連れて本部に戻ってきた。大統領に会うために移動中だったコールソンは、リンカーンの情報を知ると、急きょニューヨークへ引き返すことに決める。一方、フィッツはモノリスの向こう側の惑星に通じる“扉”を開く方法に気づく。
NCIS捜査官が殺害され、ギブスたちはトニーの数ヵ月にわたる極秘任務で何があったのかを調べることに。
