NCIS本部の爆破を受け、ギブスはハーパー･ディアリングを葬り去るべく捜索を行う。
DCで開催されたイベントで爆破事件が起き、NCIS関係者にも死傷者が出る。この事件をきっかけに、パーソンズはギブスやチームに対する見方を改める。一方、バッジを返上したディノッゾとマクギーは、命を狙われながらも独自に事件を調べるが…。今、シーズン11の幕が上がる。
海軍中佐の殺害事件を捜査していたNCISチームは、調べを進めるうちにE･J･バレット捜査官の居場所を知ることになる。
誘拐された海兵隊中尉の捜索が続く中、ギブスとジヴァは犯人を追ってアフガニスタンに飛ぶ。一方、トニーは心の奥底にある恐怖に悩まされ、ギブスはつらい過去を思い出すことに。
NCIS捜査官が殺害され、ギブスたちはトニーの数ヵ月にわたる極秘任務で何があったのかを調べることに。
