インターンたちが秘密で行っている自主練習がエスカレートし、インターンの1人であるセイディを実験台に虫垂切除を試すことに。
JJの故郷、ペンシルベニア州イーストアレゲニーで、パーティーに出掛けたはずの女子高生チェルシー、ベサニー、アリーが森で拉致されるという事件が発生。ひとり逃げ出して保護されたアリーは「背高男 (のっぽ男) に捕まった」と語る。「背高男」の怪談はJJが少女時代にも耳にしていたものだった。JJは少女たちの学校での様子を調べるために、ハイスクール時代の恩師で、今は出世して校長を務めているイーサンを訪ね……。
ライトマンとフォスターは2ヵ月間行方不明になっている11歳女児の案件を調査し、ローカーとトーレスは有名な平和活動家の回想録が真実かどうかを判断しなければならないが、ローカーはその社会的意識の高い女性に心を引かれて判断が鈍る。
ベンの卑劣な要求をのんだロック。その姿を見たベンは、渋々とこの島の秘密と謎のジェイコブについて話し始める。フラッシュバックでは、1970年代にこの島にやって来たペンと、当時島を占領していたダーマ･イニシアティブの様子が明らかに。一方、パラシュートで島に落下したナオミの素性が判明する。そして、海岸の仲間たちはジュリエットがスパイであることを示すある証拠を入手する。
海兵隊員の遺体が発見される。チームの調べにより、事件には天才児を集めた政府の研究所が絡んでいることが判明。トニーたちは感謝祭の予定を中止して捜査に取り組む。
