海軍が拘束する複数名の囚人を護送中の装甲バスが事故を起こし、その捜査にNCISが乗り出す。護送していた囚人の1人は、国の最大の脅威となり得る闇商人だった。
プライドが集中治療室で生死の境をさまよう間、チームはプライド暗殺をしようとした犯人を見つけ出そうと街中を捜索する。第5シーズン第1話。
クマー国の国防大臣がテロ行為に加担した可能性が浮上する。大臣が近日アメリカを訪れる予定があることから、大統領と国家安全保障会議は議論を重ねるが、大統領はモラルと法律の板ばさみで苦悩する。
アメリカ合衆国内の基地やホワイトハウスを狙った大規模なテロ計画が進行中である可能性が浮上する。そしてサウジアラビアの一件以来、脅迫を受けているCJは、その脅迫がただの脅しではないことを知り、恐怖する。
ロシアが中東に核施設を建設中であることが判明し、事態を重く見た大統領はサミットを欠席しようと考える。一方サウジアラビアで起きた事件について、記者会見でコメントしたCJだったが、これが原因で脅迫を受け...。