キャリーが謎の男によって病院から出される。一方ブロディ家ではデイナが失踪し、ジェシカが警察に出向くが警察は一向に動かない。引き続きテロの資金源を追っていたソールとファラが、意外な場所での資金の痕跡を発見し、ついにCIAはジャバディという人物にたどりつく。キャリーは法律事務所の男に頼まれて新たな人物と会う約束をする。
新たな情報が明るみになり、キャリーとクインは爆破事件の首謀者に迫る。宿敵のロックハートを追い詰め、ソールの計画が次の段階を迎える中、ミラは自分たちの結婚生活を修復するため、関係を絶ちたいと浮気相手のアランに伝える。その後アランがソールの自宅で不信な動きをする。キャリーたちCIAはついに首謀者を追い詰めるが…。
ウィルの面会に訪れたハンニバルは、ウィルに力を借りたいと泣きすがられ、再び彼のセラピーを始めることを決意する。一方、ハンニバルのセラピストである精神科医のベデリアは、ウィルに起きた出来事からハンニバルの行動を疑問視し、ハンニバルに別れを告げる。FBIの捜査では、ビヴァリーがウィルから密かに聞き出したプロファイリング結果により、事件の真相に一気に近づいていく。
容疑者のキャサリンへの恋心が、メディアの関心を集めるショウガール殺人事件の手掛かりとなる。
リッグスの命が大きな危険にさらされていることが明らかになり、チームは厳戒態勢に入る。だが、ロス市警でのマータフの責任はさらに重くなり、マータフとリッグスの関係にも変化が現れる。一方、トリッシュはある問題に巻き込まれてしまう。また、モリーはリッグスに2人の将来について決断してほしいと頼む。セカンド・シーズン・フィナーレ。