深い信仰心から、かたくなに娘の手術を拒む父親に対し、娘の命を助けたいと説得を挑むデレクとメレディス。更にメレディスは、母親の驚くべき過去を知ることになる。
事故死した殺し屋の夫婦の遺体が海外からNCISのもとに届く。2人に暗殺を依頼した人物を突き止めるために、トニーとジヴァは夫婦を装って高級ホテルに宿泊し、潜入捜査を行う。
臨床が始まり、デヴォンは最初の患者を画期的な医療用流体で治療するが、計画通りにいかない。チャステインに薬物過剰摂取の患者が運び込まれ、コンラッドはスキャンダルに巻き込まれる。ケイドの過去が明らかになる。
故意の化学物質流出事故が起こされ、コノの夫アダムを含む6人の危険な受刑者が逃走。ファイブ・オーが捜索に乗り出す。
オアフ島では最近組織の抗争による凶悪犯罪が増えており、知事の肝いりでFBIの特別捜査班が設置された。リーダーはフィッシャー捜査官。張り切って赴任したが、直後自宅に爆弾が送りつけられ、妻と幼い娘共々殺害されてしまう。