アリゾナ州の荒野で監禁状態から逃げてきた少年が保護された同じ夜、フラッグスタッフで13歳のビリーが失踪した。アリゾナ州の誘拐率は最も低いため2つの事件は関係があるとBAUは考えた。病院に運ばれた少年は重度の条件性情動反応を起こし、人を寄せ付けず、記憶を語る言葉さえ失っていた。一方、ニュースを見たサマンサ･アレンという女性が地元警察に現れ、「30年前、鎖でつながれた少年を見た」と届け出たが、署内にあった父親JB･アレンの写真を見て姿を消した。彼女の記憶に犯人の手掛かりが…。
不動産会社に宅配便で届いた小包が爆発し、死傷者が出る。SWATは小包を宅配便の営業所に持ち込んだ男を追うが、その男は雑用代行アプリで依頼されていただけだった。戦術リーダー講習の競争で有利に立つため、クリスはマスターガンナー検定を受ける。エリカのサポートを受けながら、ストリートやタンに負けまいと練習に励む。
元モサドのシャケドに呼び出されたカレンたちは、軍内の右翼集団パットン･プロジェクトのメンバー捜索を依頼される。シャケドがモサドで暗殺を実行していたことを知ったカレンとサムは、今回の隠密作戦は自分たちの職務ではないと主張するが、オチョア次長は聞く耳を持たない。その後パットン･プロジェクトのメンバー候補の1人が死亡していたことが分かり、その司法解剖を担当した検視官に話を聞くと、衝撃的な事実が発覚する。
海軍住宅地区で不法侵入が多発し、NCISは留守宅でパーティーをしていた子供たちを調べる。マクギー捜査官は捜査中、その1人であるティーガン･フィールズと特別な絆を育む。
スコーピオンが入院中のメーガンを見舞っている間に、病院で猛毒のカビが大発生。感染した恐れがあるため、チームは院内に隔離されてしまう。
