やっと病院に戻ることが許可されたイジーと彼女を迎え入れたベイリーに、それぞれに大きな壁が待ち受ける。メレディスはニューヨークから訪ねて来たデレクの姉に気分を害され、アレックスは珍しいケースの助手に自分ではなくジョージを指名したアディソンに腹を立てる。
キャリーとバーガーはお互いの気持ちを正確に打ち明け合うが、キャリーはバーガーを怒らせてしまう。一方、シャーロットはハリーのために初めての安息日のディナーの準備に夢中になり、失敗してしまう(種なしパン)。
退職したギブスの穴を埋めようと、それぞれに努力するチームの仲間たち。そんな中、ジヴァはかつてモサドで組んでいたパートナーが大使館で軍の元高官を暗殺する現場を偶然目撃。過去のしがらみに苦しめられることになる。
シーズン6の幕開けでは、ギブスが兵曹の殺害事件を捜査。事件とヴァンス局長によるチーム解散に驚くべき関係があることを知る。
海兵隊兵長の遺体が不動産業者によって発見された。事件を調べるギブスたちは、その遺体が一度裏庭に埋められてから掘り出されたことを突き止める。