マイケルはマホーンと先を争いウィスラーを捜す。旧友と再会し、ウィスラーに関する重大な手がかりを入手するリンカーン。水不足に陥ったSONAでは、囚人たちのボス、ルチェロがコントロールを失い始めていた。
海岸に打ち上げられたサメの体内から人の足が見つかる。捜査線上に浮かんだ水族館を訪れたブースとブレナンの目前で、今度は巨大魚が人間の頭がい骨を吐き出す。
ビエルコはロシア潜水艦を乗っ取り、ミサイル12基を手中に収めた。空軍による迎撃がミサイル発射までに間に合わないと踏んだジャックは、艦内の唯一の生存者ルーニー軍曹に協力を求め、自らビエルコの阻止に立ち上がる。だが、ミサイルは既に発射までのカウントダウンを始めていた。
国土安全保障省から派遣されたマイルズにより、ローガン大統領の罪を証明するためのデータが消されてしまう。大統領夫人マーサは、シークレットサービスのピアース捜査官の命を救う。テロの首謀者ビエルコは、12基の弾頭ミサイルを積んだロシアの潜水艦を乗っ取る。
台湾でインヒューマンズに関する秘密会議が開かれることになり、大統領の推薦でATCUの責任者になったタルボット准将とコールソンの参加が決まる。2人の目的は他国のインヒューマンズに関する情報収集と、ヒドラのスパイを見つけ出し、マリックの居場所を突き止めることだった。会議場に向かった2人は、目の前に座る5人の出席者の中に潜んでいるというスパイを見つけ出そうとするが…。その時、突然マリックが会議場に姿を現す。
