SSRから盗まれたスタークの発明品である武器が使われ、多数の犠牲者が出てしまう。カーターは、敵には大きな計画がありさらなる犠牲者が出ると確信する。そんな時、SSRにスタークがジャーヴィスと共に現れる。武器の名前は“ミッドナイト・オイル”というガスであり、スタークは、これ以上恐ろしい結果をもたらさないため、リヴァイアサンをおびき寄せるおとりを志願する。カーターは、スタークを救うため決死の戦いに挑む…。
事件現場で押収した通信機にメッセージが届く。ロシア語で書かれた暗号メッセージを解読したカーターは、暗号分析者として武器の受け渡し場所であるベラルーシの森にエージェントたちと一緒に向かうことに。そこでは、かつて共に戦った現地の107連隊が待っていた。そしてSSRは、大量破壊兵器の試作品を取引する予定のスタークを待ち構えるが。
精神科医のイフチェンコ博士は人の心を操れる技を持っていた。博士は自然にSSRの組織に入り込み、SSRの支局長を含む男性エージェントたちの心を操っていた。国家反逆容疑でSSRに逮捕されたカーターは支局長に、グリフィスホテルにいる女工作員を捜し出すのが先決だと伝えるが、相手にされない。果たしてリヴァイアサンが狙っていたスタークの発明品とはいったい何なのか?
ベラルーシから連れて帰った精神科医、イフチェンコ博士からSSR支局長がリヴァイアサンの情報を聞き出していた際、組織が女工作員を育成していることを知ったカーターは、スタークの技術を盗んだのは女工作員だと確信し、ジャーヴィスと共に捜し出す。そんな時、SSRはカーターが陰でスタークを助けていた事実をつきとめ、彼女を国家反逆、スパイ行為などで逮捕しようとする。
一見いつもと変わらないはずの殺人事件の裏には国際社会を巻き込む政治的な意味合いが…。ワトソンは殺されかけた経験から平穏を取り戻すのだった。