二年前、病院の屋上から飛び降りて死亡したと思われていたシャーロック。しかしそれは偽装で彼は生きていた。その間シャーロックはモリアーティの犯罪組織解体のため、マイクロフトのバックアップを得て、密かに活動を続けていたが、ついにその任務が完了。次の任務は、ロンドンに大規模なテロ攻撃を企てている地下組織を潰すこと。シャーロックはロンドンへ戻り、ジョンの前に再び姿を現す。 二年の間に、ジョンはベーカー街221bを出て、医師として診療所を開き、看護師メアリーと交際し、結婚を考えるようになっていた。シャーロックの死をなかなか受け入れられずに苦しみ抜いたジョンは、平然と現れたシャーロックを許せず、最初のうちは距離を置く。シャーロックは仕方なく、モリーを調査の相棒にしてみるが、うまくいかない。 そんな折り、ジョンが誘拐されるという事件が起きる。おりしもイギリスでは11月5日の「ガイ・フォークスの日」が迫っていた。その日は、子どもたちがガイ・フォークスを模した人形を町中を引き回し、最後はかがり火の中に投じて燃やすという習慣があり・・・
シャーロックはスモールウッド議員からの依頼を受ける。議員の夫が昔、未成年女性に露骨な恋文を送ったことを理由に新聞社のオーナーで「恐喝の帝王」として恐れられているマグヌセンから脅迫されていたのだ。スモールウッド議員は夫の恋文をマグヌセンから取り返してくれと依頼する。 一方、ジョンとメアリーは隣人のケイトから、ドラッグに溺れた息子アイザックが帰宅しなかったと相談を受け、彼の救出に向かう。麻薬常習者たちのたまり場には、スモールウッド議員からの依頼の調査のため、潜入していたシャーロックの姿もあった。 シャーロックはマグヌセンの所有する新聞社ＣＡＭローカル・ニュースに赴き、マグヌセンの秘書を利用してオフィスに入り込む。 しかし、そこでシャーロックが見たのは、マグヌセンを殺そうとしているメアリーだった。驚愕するシャーロックにメアリーがとった行動は果たして・・・
