ワシントン州ヤキマで売春婦の拉致事件が発生。発見現場に向かったJJとルークが周辺を捜索すると、2桁に及ぶ被害者が見つかり、どの被害者にも麻布と有刺鉄線が巻かれていたため宗教的な犯行を連想する。一方BAUは、5年前に殺された女性への危害が過剰だったため、彼女の知人による犯行とにらむ。その女性の勤めていた飼料店の顧客記録から、ある親子が浮上し、その父親がカルト宗教の元メンバーであることが分かり…。
海上で謎の死者が出た事件の捜査に向かったNCISチームのメンバーは、自分たちの命も危険にさらされていることに気づく。
ホテル･エクリプスで爆弾チョッキを着た男が自爆し死傷者が多数出る。現場の証拠からレディ･ヘザーが事件に関わっている疑惑が深まり、彼女を最もよく知るグリッソムにエクリーが協力を要請。ホテルのオーナーであるキャサリンも急遽LAから駆け付けた。終始、ヘザーの潔白を主張し続けるグリッソムに、サラはモヤモヤしつつも捜査は進むが、館を訪ねても肝心のヘザーの姿はない。そんな中、小学校で第2の自爆事件が起きる。
高校生でバスケのスター選手だったハーマンが、州選手権を制覇した夜、何者かに刺殺された。そして事件は未解決のまま10数年が経過。ハーマンの息子であるレイも、バスケ界で注目を浴びる選手に成長していた。そんなある日、レイの元に「試合に出たら父親と同じように殺す」という脅迫電話がかかってきて…。
サムはファッション業界の女性社長から、邸宅で起きた強盗事件の調査を依頼される。楽に大金が稼げると踏んだマイケルたち。だが、女性社長が殺害されてしまい、事件は泥沼化の様相に。
