1945年のオーストリア。のちにヒドラの北米指導者ホワイトホールとなるラインハルト中将は「オベリスク」とその他の品々を運び出そうしていた。だがそこにエージェント･カーター率いるSSRが現れ、すべて押収する。
冒頭、シールド崩壊の日の回想シーンによって、モース、マック、ゴンザレス、ハートリーの関係が明らかになる。シールドの空母イリアッドの艦長だったゴンザレスはヒドラの攻撃によって絶体絶命。そこへフューリーの命を受けたモースとハートリーが救出に現れ、イリアッドのチーフ･エンジニアだったマックと共にゴンザレスを助けたのだった。
ドゲットはカーシュ副長官の調査をしようとするが、監視カメラのテープの存在で中止に追い込まれそうになる。一方、水中に長い間潜る能力のある美しい女性がFBIに潜入する。モルダーは行方をくらます。
スーパー・ソルジャーと汚染された飲料水に関する調査が佳境に入るにつれ、ドゲット達の三角関係もますます複雑化していく。スカリーの赤ん坊は、その時折みせる超人的な素質から、人の胎内で育ったスーパー・ソルジャー第一号ではないかと言われ出す。
DV夫が子どもを連れて行方不明だという女性の捜索依頼を受けたマイケル。夫を探し出した直後、女性の態度が一変。マイケルと夫は襲撃を受ける。
