ジェーンはついにレッド･ジョンに打ち負かされるのか? ジェーンの妻と娘の死からちょうど9年目、ジェーンはレッド･ジョンから恐ろしいメッセージを受け取る。激しく動揺したジェーンは、現在進めている事件の捜査中に奇異な行動を取り、CBIにおける地位さえも危うくしてしまう。リズボンたちの心配をよそに、ジェーンは、レッド･ジョンに対してある決断を下そうとする。
ブレナンとブースは、上院議員と有力なビジネスマンが犠牲となった列車事故の調査に乗り出す。一方、ブレナンの母殺害の容疑者であるマクビカーが獄中死を遂げ、父親の行方を知る唯一の手がかりを失ったブレナンは途方に暮れる。
1週間で2人の被害者を昏睡させ右脚を切断する事件がニューメキシコで発生した。1人目の被害者は切断中に死亡し、2人目の被害者トニーはモーテルで発見され一命を取り留めた。ロッシはトニーの記憶をよみがえらせ、誰かの車庫にいたことを思い出させた。そんな中、3人目の被害者が病院にたどり着いた。彼の右脚は切断され、他人の脚が移植されていた。脚に使われたインプラントから犯人は車庫に医療設備を備えた医療関係者ではないかと推測された。一方リードは、ある謎の女性と連絡を取っていた。
覚醒したクーパーは保安官事務所へ向かい、ゴードンもツイン・ピークスへ急行。一方、事務所にはMr.Cが訪れ、異変を感じたルーシーらの機転で彼を死に追いやる。その死体からボブの顔が現れる巨大な玉が出現した。
CTUはガスに汚染され、多数の死者を出した。ジャックらは限られた安全区域で身動きが取れずにいる。そんな中、警報が鳴り響く。ガスに酸が混合されており、安全区域の壁を腐食し始めたのだ。ガスが室内に侵入してくるまでに残された時間は最大で20分。ジャックらは辛く非情な決断を迫られる。一方CTUがこれ以上機能出来ないと判断したローガン大統領は、組織を再編し、国土安全保障省のカレン・ヘイズにCTUの指揮を執らせることを決断する。
