仲間が行方不明となり、DCのチームはあらゆる手を尽くして捜索する。今、シーズン12の幕が上がる。
ニューオーリンズからDCに向けて飛び立った自家用機の乗員と乗客が毒を盛られて殺される事件が発生。すべての証拠が指し示すのは姿を消したシェフだが、そのシェフとはアビーの弟ルカ (タイラー･リッター) のことだった。DCのギブスたちはニューオーリンズ支局のプライドたちと連携し、ハイテク企業の自家用機が狙われた理由を探る。2時間にわたるクロスオーバー特別エピソードの前編。
対テロ会議で爆発事件が発生。NCISチームはギブスの宿敵の仕業ではないかと疑うが、ダイアンを殺された悲しみで危うい状態のフォーネルを支えるため、ギブスは捜査から距離を置く。
海軍の研究者が殺され、被疑者はロシア政府も追っている人物だった。海軍長官はNCISチームにテロ対策班への参加を指示する。
国防長官の部屋へ盗聴器を仕掛けるため、国防副次官の妻アンヌリーズに接近。彼女の情報から、部屋に盗聴器が仕掛けられそうな置時計があることがわかる。そしてエリザベスたちはメイドのヴァイオラに目をつけ、息子の命と引き換えに、部屋の時計を盗ませる。
