レスリー・オドム・Jr

6人の患者とそれぞれの家族6人の、計12人を対象とした腎臓のドミノ移植が行われることになり、シアトル･グレース病院の外科部門は総出で準備にあたる。一方、メレディスとデレクが行った臨床試験が、医学雑誌で“シェパード法”として取り上げられる。

ルートはマシンの命令に従い、謎めいた過去を持つ管理人を捜す。一方フィンチ、リース、ショウの3人も、同じ人物の番号を受け取り捜査に乗り出していた。管理人は、ある部屋にアクセスする鍵を握っており、その部屋には、もう1つのマシン“サマリタン”のチップが置いてある。だが、捜査を進めるうちに、ルートの存在自体が管理人の命を脅かしていることが明らかになる。

クルーガーは、音信不通になった知り合いを探す検索システムを提供する会社の代表だが、ある時、何者かによって個人情報を暴露され、命も狙われる。クルーガーを守ろうとするリースは加害者が特定できず立ち往生し、フィンチはリースを助けるため、ショウとカーター、ファスコの協力を要請する。そんな中、カーターは、予想外の新人、マイク･ラスキーとペアを組むことになる。

今回の対象者、マシュー･リードは、ある人物が原因で高校時代のガールフレンドが死んだと信じており、その人物を殺そうとしている。リースとショウは、リードを監視するため同級生になりすまし、最も危険な場所、高校の同窓会に潜入する。一方フィンチとファスコは、ヴィジランスが仕掛けてきた攻撃の背後にどんな動機があるのかを探るため、ワシントンD.C.へ向かう。

監禁されていた精神科病棟から自由になったルートは、マシンの指示を仰ぎ、使命を遂行するためにはショウの援助が必要不可欠だということを知る。一方、リースとフィンチは、温厚な遺産管理の調査員、ティモシー･スローンが、なぜ今回の対象者になっているのか理解に苦しむ。だが調査が進むにつれ、スローンの知られざる一面を始め、恐るべき事実が次々と明らかになっていく。

インターネットにつながる邪悪な人工知能プログラム“サマリタン”が、POIチームを最初のターゲットとする。サマリタンを阻止するため、チームは捨て身の対応策を取り一丸となって立ち向かうが、フィンチ、リース、そしてチームのメンバーたちは、生き残れるのか。サード･シーズンフィナーレ、数カ月にわたったヴィジランスとの戦いは、衝撃の結末を迎える。