ウェイン夫妻殺害事件に決着をつけようとする若き検事補のハービー･デント。ゴッサム･シティをめぐる犯罪の回路を断ち切ろうとしているデントは、犯人だと確信している人物を追い詰めようとしていた。そしてデントは、ゴッサム市長と組むことをゴードンに勧める。そんな中、ペンギンは、ムーニーが秘密兵器として育て上げたクラブ歌手のライザに接触していた。(C) 2014 Warner Bros. Entertainment Inc. All rights reserved.
6人の患者とそれぞれの家族6人の、計12人を対象とした腎臓のドミノ移植が行われることになり、シアトル･グレース病院の外科部門は総出で準備にあたる。一方、メレディスとデレクが行った臨床試験が、医学雑誌で“シェパード法”として取り上げられる。
クルーガーは、音信不通になった知り合いを探す検索システムを提供する会社の代表だが、ある時、何者かによって個人情報を暴露され、命も狙われる。クルーガーを守ろうとするリースは加害者が特定できず立ち往生し、フィンチはリースを助けるため、ショウとカーター、ファスコの協力を要請する。そんな中、カーターは、予想外の新人、マイク･ラスキーとペアを組むことになる。
監禁されていた精神科病棟から自由になったルートは、マシンの指示を仰ぎ、使命を遂行するためにはショウの援助が必要不可欠だということを知る。一方、リースとフィンチは、温厚な遺産管理の調査員、ティモシー･スローンが、なぜ今回の対象者になっているのか理解に苦しむ。だが調査が進むにつれ、スローンの知られざる一面を始め、恐るべき事実が次々と明らかになっていく。
インターネットにつながる邪悪な人工知能プログラム“サマリタン”が、POIチームを最初のターゲットとする。サマリタンを阻止するため、チームは捨て身の対応策を取り一丸となって立ち向かうが、フィンチ、リース、そしてチームのメンバーたちは、生き残れるのか。サード･シーズンフィナーレ、数カ月にわたったヴィジランスとの戦いは、衝撃の結末を迎える。
