チームに新人の情報分析官が配属される。しょく罪を匂わすような手首を切り落とされた状態で軍人が殺害される凄惨な事件が起きる。機密情報を取り扱う管理部門に勤務していたため、情報の漏洩を懸念してNCISが捜査することになる。
連邦ビルの前で国務省の職員が殺され、彼はある女性をかばっていたことが判明する。彼女が看護師として働く美容整形クリニックでテロリストたちは顔を変える手術をしていた。
海軍人事局の最高機密情報を知り得る中佐が行方不明になった。NCISが捜査をしていると今度は彼の娘がいなくなり生き埋めの映像が送られてくる。映像を見たサムはある作戦を思いつく。
長い間潜伏しているスリーパー･スパイの存在が明らかになり、ロシアも秘密の本を狙っていることが分かる。一方、ケンジーが潜入捜査中に捕まり人質に取られてしまう。カレン達はCIAと銃撃戦になるが…。
