サンタクラリタで列車の爆破事件が発生。混乱に乗じて乗客のブリーフケースが何者かに奪われる。CTUではトルコの大物テロリストがこの事件に関わっているとみて捜査を続けていた。
あれから2年ーーアメリカ国内では短期間でのテロ攻撃が相次ぎ、被害者数が膨れ上がっていた。頭を悩ます大統領ウェイン・パーマーは、苦渋の決断をする。それは、20ヶ月間中国政府に監禁されていたジャック・バウアーを開放させることだった。
予想していたより早い段階でサンガブリエルの原発でメルトダウンが発生、住民の避難が始まる。残り5箇所のメルトダウンを防ぐためにオーバーライドをなんとしても見つけ出さなくてはならない。
ジャックの警告も虚しく、ヘラー長官と娘のオードリーはテログループに拉致されてしまった! ジャックはCTUの現チーフ・ドリスコルに、長官救出まで暫定的に現場に戻りたいと掛け合うが拒否される。
ディナがCTUに協力をしようとした矢先、ナビは息子のベルースを人質にとって立てこもる。息子さえ生かしておけば、妻が裏切ることはないと考えたのだ。