ロックモンド・ダンバー

死刑囚リンカーン･バローズの弟で建築技師であるマイケル･スコフィールドは、ある計画に役立つタトゥーを上半身全体に入れて意図的に刑務所への投獄を受ける。そして、兄を救出するために、刑務所を設計した知識を用いて脱獄を計画する。

マイケルは脱出に必要なボルトをティーバッグのベンチから抜き取るが、運悪く見つかり取り上げられてしまう。その頃、所内は黒vs白人の不穏な空気が所内に漂っていた。そしてついに暴動が発生、どさくさに紛れマイケルはボルトを取り返すがティーバッグとの確執を一層深めてしまう。

囚人達が大騒ぎする中、ポープ所長はマイケルの房に向かいトイレ裏の穴を発見する。マイケル、リンカーンと受刑者たちは自由のため逃走し、看守や地元警察が脱獄犯の追跡をする。一方ベロニカは、真相を暴くカギを見つけにモンタナへと向かう。

ティーバッグと同房のセスがシャワー室でマイケルに助けを求めるが、マイケルは見てみぬふりをする。リンカーンは、ポープ所長に息子が行方不明なので刑務所外に出て捜させてくれと訴える。一方、アブルッチの特権が消えてしまい脱出計画を脅かす。

身内の会社に架空の助成金を流していた副大統領が相手と知り、これ以上は無理なのかとニックとベロニカは口論になる。一方、マイケル達が看守部屋で穴を掘りつつ作業をしていると、看守が現れマイケルの妻が面会に来たとマイケルに告げる。

リンカーンは死刑執行まで懲罰房に監禁されることになってしまう。マイケルは兄を見捨てて脱走できないというが、計画を中止にはできない雰囲気が漂う。刻一刻とリンカーンの死刑の時刻が迫る中、マイケルは最後の手段を使って兄を救い出す決意をする。