エアフォース･ワンに搭乗していた海軍将校が謎の死を遂げ、NCIS捜査官のギブスたちが捜査に乗り出す。また、ギブスはケイト･トッド捜査官にも強制的に協力させる。
ロングアイランドで、銃殺された上、両手を切り落とされた男性の遺体が発見された。彼の妻は行方不明。同じ手口の事件が他にも発生し、連続殺人事件としてBAUは捜査に乗り出す。ロングアイランド出身のロッシが現場に向かうことに。
車の中から女性の焼死体が発見され、遺留品から子供が誘拐されたと推測される。そして父親のカール･デッカーが容疑者として浮上するが、彼は証人保護プログラムの対象となっていたため、事件は困難を極める。
“オットー”と呼ばれる極秘のAI搭載車両が原因で海軍大尉が死亡する。ギブスたちは初動捜査で自殺を疑うが…。
著名な科学研究者が毒殺される。第一容疑者が研究者の妻だということ、そして彼女がかつて、ジェーンの担当精神科医だったということを知り、ジェーンは、この事件に対して個人的な興味を抱く。
