アルバート・ジョーンズ

ニールの宿敵で服役中のケラーがFBIに取引きを持ちかけてきたため、ニールとピーターが刑務所へ向かう。ケラーは、別の刑務所への移送が決まっているが、その中止と引き換えに、悪質なパスポート偽造者ラングの情報を教えるという。調べると、ラングはケラーの元相棒で、現在は写真家になっていた。翌朝、出勤前にエリザベスと些細なことから夫婦ゲンカをして、ピーターは気がかりだったが、ラングのもとをニールともに訪ねる。

ある富裕な慈善事業家が、誰かが故意に自分に致命的疾患を負わせたと主張し、ホームズにその犯人探しを引き受けてくれるよう懇願する。その一方、ホームズはワトソンに探偵業のコツを示そうとあれこれ指導する。

フリンジ･チームと密接な関係を持つ人物が突然襲われた。さらに、テロリストのジョーンズが再び現われ、ビショップ博士は不可解な失踪を遂げる･･･。これまでのさまざまな疑問に答えが見つかり、検証され、個々の絆が試されるときが来た。オリビア、ピーター、ビショップ博士を取り巻く謎の事件の詳細も明らかになっていく。そして、ついに謎の人物、ウィリアム･ベルが姿を現す。

マフィア専門の弁護士シドニー･トルークスと彼の妻が襲われる。彼らの息子は、その犯行を目撃したことから、精神的な傷害を受ける。オリビア･ベンソン刑事とエリオット･ステイブラー刑事は、弁護士の娘シャーロットに事態を知らせるため、ボーイフレンドのライアンのアパートにいるシャーロットを訪ねる。シャーロットは事件の夜、酒とドラッグに酔いつぶれており、その日についての記憶が曖昧である。手術を終えた父親が、犯行現場に自分の娘がいたことをはっきりと覚えていると話す。さらにステイブラーがライアンと激論となり、事態は悪化してしまう。

ダニーの同僚の刑事が麻薬密売の潜入捜査中に殺される。ダニーは犯人を捜そうと躍起になり…。