アンソニー･キャリガン

ゴッサム･シティではマローニとファルコンによる勢力争いがますます激しくなり、彼らの暴力的な報復合戦もエスカレートし続けていた。そんな中でペンギンは、自分が持っている情報を小出しにし、巧みな策略を練りながら徐々にマフィアの内部へ入り込んでいく。そしてゴードンは“ペンギンを生かしておく”という過去に下した決断のため窮地に陥るのだった。

アーカム･アサイラムからジャック･グルーバーという男が脱走する。グルーバーは、精神こそ混乱しているが電気に関しては天才だ。一方ゴードンは、グルーバーを捕まえることを条件に元の仕事に復帰させてほしいと願い出る。そんな中、ファルコンは、自分が今いる権力の座にまた一歩近づいてくるムーニーを前に、“帝国”を保ち続けることの難しさを感じ始めていた。

殺人事件が起き、ゴードンは犯人像を描き出すため目撃者の協力を要請する。だが本部に来ていた目撃者は、何者かに殺されてしまう。ゴードンは内部の警察官の仕業だと確信し“旧友”から情報を得ようとする。そんな中、オズワルド･コブルポットは、フィッシュ･ムーニーにとって掛け替えのない大切なものを支配下に置くことで、彼女に報復しようとしていた。

バリーは、STARラボの研究員たちと協力し、毒ガスを操る新たなメタヒューマン、ザ･ミストことカイル･ニンバスを捕まえようとしていた。しかし、加速器の爆発でケイトリンの婚約者ロニーが死んだ夜のことを何度も思い返していた。ウェストは長い年月を経てやっとヘンリーに面会しに刑務所へ行くが、そこに数年前ウェストに逮捕され恨みを持ち続けているカイルが現れる。一方、アイリスとエディは、自分たちの関係をウェストに隠し続けていた。

ゴッサム市警で大改革が行われた後、ペンギンが、ゴッサム･シティの闇社会で最高権力の座を獲得する。ジェームズ･ゴードンは、ある理由でペンギンに助けを求め、自分が今まで持ち続けていたモラルの指針が揺らぎ始めたことを恐れていた。一方ブルース･ウェインは、父の秘密を突き止めるため調査を進める。そんな中、街に新参のテオ･ギャラバンとタビサ･ギャラバンが現れる。

ゴードンは、ドクターのレスリー･トンプキンスをサーカスに連れていく。だが、サーカスが何者かによって襲撃されたため状況は一変する。一方、ムーニーが他の仕事で忙しくしている間、ファルコンは、ナイトクラブでペンギンを手伝うよう、ブッチ･ギルジーンに要請する。そんな中、ブルース･ウェインは、ウェイン財団の理事会を開く計画を立てる。