ヴィクトリアとコンラッドが別居生活を始め、しばらくするとリディアが意識を取り戻した。しかし彼女は、最近の記憶を失ったままで、ヴィクトリアに不倫関係が知られた事も、自分がなぜ病院にいるのかも覚えていなかった。ヴィクトリアは罪悪感からリディアを看護するが、過去に起きた事を全てぶちまけてしまう。リディアの意識が戻ったと知ったエミリーは、彼女の記憶をすり替えようとノーランと共に証拠隠滅に動き出す。しかしある晩、フランクの遺体が発見され、ヴィクトリアは警察にエミリーを容疑者として通報する。
リディアは昏睡状態、フランクは行方不明…不穏な空気が漂う中、グレイソン家では、ヴィクトリアとコンラッドの結婚25周年を祝うディナーが計画されていた。しかし、夫妻の仲は既に修復不可能な状態にあり、コンラッドは家を出て行くことになる。一方、エミリーの過去を知ったフランクは、彼女が暴行罪で収監されていた刑務所に行き、新たな証拠を見つけ出そうとしていた。事実を知ったエミリーは刑務所長に助けを求めるが、フランクは重大な証拠を携帯電話に残す事に成功。そしてヴィクトリアに連絡を入れてしまう。
ニューオーリンズの埠頭でダン･マクレーン連邦議員の遺体が発見される。議員が元NIS捜査官だったことから、NCISニューオーリンズ支局のドウェイン･プライド特別捜査官は本部のギブスに協力を要請。かつて同僚だった2人は再会を果たし、FBIと共に合同捜査を行う。
緊迫した人質交渉の中で、モルダーはエイリアンの実験の犠牲者だと主張する殺し屋に同情してしまう。
新たな証拠が出たことから、有名な“特権キラー”の模倣犯の仕業ではないかと考えたギブスは、プライド特別捜査官と共にニューオーリンズで手掛かりを追う。ビショップはニューオーリンズからディノッゾに一風変わったお土産を送り、ディノッゾとマクギーは引き続きDCでFBIと共に政治絡みの線から事件を調べる。
