おとぎ話の世界。白雪姫は王子のキスで目覚め、2人はめでたく結婚。ところがそこへ悪い女王が乗り込んできて「お前たち全員の幸せを壊してやる」と宣言。やがて妊娠した白雪姫は不安を感じ、闇の魔力で未来を読むことができるある男のもとを訪ねる。一方、現代。28歳の誕生日を迎えたエマのもとに、10年前に養子に出した息子ヘンリーが突然訪ねてくる。彼の住む町にはおとぎ話の登場人物たちが閉じ込められていると言う。
銀行強盗を働いたためアンバー･エリアに“隔離”で閉じ込められている双子の兄弟を、もう一方の兄弟が救出しようとする。だがフリンジ･チームによって彼の正体が明かされると、衝撃的な事実が浮かび上がる。一方オリビアは、ウォルターネイトの実験を受けるためにラボへ行く。感覚遮断タンクに入った彼女は、もうひとつの世界にワープする。
クリプトンが滅びる20年前、親友だったゾッド少佐と科学者・ジョー=エルは、カンドールがゾッドの妻子共々滅亡する瞬間を目の当たりにする。そして現在、ゾッドはジョー=エルを裏切り者とみなし、捜していた。
