デヴィッド・ジェームズ・エリオット

ピエロ姿の男がベーカリーの店主を射殺し、CSIはフラックを危険に晒す彼の過去の決断を調査する。

物語はアイスランドにあるアメリカの核ミサイル格納庫で、突然ミサイルが発射準備に入るところから始まる。何者かがミサイル格納庫のコンピューターにハッキングし、操作したものと思われる。この事態を受けて、メリック長官はスコーピオンたちにハッキングの犯人を突き止めるよう依頼。ところが、スコーピオンたちはどうやらこれには裏があることを突き止める。

空母に乗艦したカレンとサムは、ハーモン･ラブ大佐と共に人質救出とスパイの確保に当たる。一方、SEALのウォレスと共にイラクに飛んだケンジーとディークスは、CIAのサバティーノと合流。ISISの激しい攻撃を受けながら、ミサイル攻撃に対する各国の報復を阻止するべく、証拠を握る記者と亡命者の行方を追う。そしてヘティと共にサウジアラビアに到着したサラ･マッケンジーは、9年ぶりにハーモンと再会する。

ジョーの養女エリーが殺人事件の目撃者となり、ジョーは私生活と職業のバランスに悩む。

空母アリージャンスに乗艦していたリー捜査官が殺害され、カレンとサムは副長のハーモン･ラブ大佐と共に捜査を開始。ネルが病気の母親に付き添っているため、ジャスミン･ガルシア捜査官がエリックの助っ人として登場し、暗号メッセージをやりとりしていた乗員を特定する。さらにロシアの役人が今回のスパイ活動に関与していることが分かり、ヘティは国務省に出向している元JAGのサラ･マッケンジーに協力を求める。

渓谷で元海兵隊暗号技術者の焼死体が見つかり、カレンとエリックが現場検証を行う。被害者のエリー･シムズはDEAの特捜班に参加して暗号解読を担当していたが、DEA捜査官のタリアいわく、エリーが命を狙われる理由は見当たらないという。しかしネルの調べにより、エリーがISISの暗号化メールを発見していたことが明らかに。ISISがアメリカに進出してきた可能性も視野に入れ、チームは捜査を行う。