ヘンリー・シモンズ

ジャックとアンジェラ夫妻の寝室の天井から無残な遺体が見つかる。ジャックたちは通気口からガスを入れられ眠り込んでいた為、侵入者に気がつかなかった。皮膚を剥ぎ、そして花を残す手口からペラントの仕業と推定される。骨の形跡から、被害者は特殊部隊にいたことがわかる。

メイ、トリプレット、ハンター、モースの4人は逃亡したウォードを追跡するが、巧みにかわされなかなか取り押さえることができない。留守番するスカイはコールソンの衝動が悪化していることを知って心配する。そんな時にニューヨークで起きた殺人事件の被害者の体に異星人の記号が刻まれていたことがわかる。

スカイの分析によって街の場所が判明。コールソンはヒドラが来る前に街を破壊することを決め、モース、ハンター、フィッツシモンズを連れてプエルトリコのサン･フアンへ向かう。その頃カナダで身を隠していたレイナがヒドラに捕まりそうになり、ケーニグ兄弟に救われる。コールソンはメイ、スカイ、トリプレットにレイナの確保を命じる。

「シータ･プロトコル」とは新たなヘリキャリアの建造のことだった。これによってウルトロンによる人類滅亡計画を阻止したコールソンはシールド長官の地位を守り、ゴンザレスたちは顧問団としてコールソンに助言を与えることになった。

メイのスーパー操縦術でヒドラの撃墜を逃れたバスはサン･フアンに向かい、コールソンたちと合流する。レイナとスカイがヒドラにさらわれたことを知ったコールソンは、ヒドラの到着前に地下都市を爆破することを決意する。

タルボットが国連本部で演説しているところに、ヒドラのスカーロッティ率いる武装集団がシールドを名乗って急襲する。謎の武器によって6名が死亡、負傷者は数十名に上った。ホワイトホールがシールドに新たな汚名を着せ世界中を敵に回そうとしていることを悟ったコールソンは、そのもくろみを阻止すべく動き出す。