元MI6工作員が死体で発見されると、テナント (ヴァネッサ･ラシェイ) の過去の秘密が明るみに出る。彼女は犯人を捜すため、思い切った行動をとらざるを得ない。
リチャードの発案でレジデントの配置がシャッフルされる。ジョーはメレディスの助手になるが、ろくに指導してもらえない上に名前を間違って呼ばれ続けてうんざりする。アメリアの助手になったペニーは自動車事故で頭蓋内出血のあった男性を担当するが、モニターだけ見ていろと言い渡される。ベンはアリゾナのもとで四つ子を身ごもった税理士の女性を担当。しかし、まだ23週にも関わらず赤ん坊のうちひとりが生まれそうで…。
海兵隊員の家で泥棒の死体が発見される。死体にはデライラと国防総省が追っていたテロ組織のロゴも残されていた。
マグナムとヒギンズは、スパイ活動の過去を持つ男を巻き込んだストーカー事件の調査に乗り出す。また、イーサンは、「私立探偵マグナム」の第3シーズンの最終話にて、国境なき医師団に参加する旅に一緒に来て欲しいとヒギンズに打ち明ける。
マグナムとヒギンズは、島で見かけた行方不明の兄を探してほしいというクライアントに雇われる。二人が調査していくと裏に復讐の為の事件が隠されている事に気づくが、ヒギンズが撃たれ、TCが誘拐されてしまう。また、シーズン3の初回では、ヒギンズの担当外科医がヒギンズをデートに誘い、ヒギンズ (そしてマグナムも!) は驚き困惑する。
