ジェイン・アトキンソン

映画「羊たちの沈黙」の“バッファロー･ビル事件”から1年後、クラリス･スターリングは、連続猟奇殺人事件の捜査のため、FBIのエリート部隊に加わることになった。

ジャックは、ローガン大統領に自白させようとしたが失敗。こうして、頼みの綱は大統領夫人マーサだけとなる。その後、全てが解決したと安堵したのもつかの間、ジャックに恨みを持つ敵が忍び寄る。

国土安全保障省から派遣されたマイルズにより、ローガン大統領の罪を証明するためのデータが消されてしまう。大統領夫人マーサは、シークレットサービスのピアース捜査官の命を救う。テロの首謀者ビエルコは、12基の弾頭ミサイルを積んだロシアの潜水艦を乗っ取る。

ジャックの狙い通り神経ガスは爆発で燃え尽き、数十万人の命が救われた。だがジャックはヘンダーソンの上にいる黒幕が予想以上に強大な相手なのではないかと不安を抱き始める。一方で、ウェインはパーマー元大統領が殺害された理由が大統領夫人の側近エブリンからの情報提供によるものだと突き止める。エヴリンは黒幕の証拠を持っていると言うが、誘拐された娘の無事と引き換えでないと証拠は渡さないと言う......。

ヘンダーソンの協力により、ジャックはミサイルの発射を防ぐ。結局ヘンダーソンは罪を償うことになる。ジャックに残された仕事はあとひとつ。何とかしてローガン大統領に自白させなければならない。

ジャックは、以前恋人だったオードリーがテロリストに協力していたことを信じられずにいる。テロの首謀者ビエルコは神経ガスをばら撒こうと企て、ガス会社へ向かう。そんな中、ウェイン･パーマーは、自分を殺害しようと追ってきた一団から何とか逃げる。