無人機によるテロ攻撃を実行したテロリストのベナム･パーサを追跡する中、NCISチームはパーサのアジトに残された証拠品から仲間の1人を割り出す。一方、パーサの攻撃で恋人が負傷してしまったマクギーは、ショックを受けて苦悩する。
ある大学に潜む危険なハッカーを見つけ出すため、スコーピオンのメンバーは大学へ潜入することに。
深海ラボで殺人事件が起き、しかも犯人がまだその場にいる可能性もある。アダム、ジュニア、タニの3人が太平洋の海底に挑む。
ドンと捜査チームは究極の時間との闘いに挑む。観光バスをハイジャックした犯人に、4時間以内に1800万ドルを届けないと、人質が殺されてしまうのだ。ゲスト出演：フィッシャー･スティーブンス。
セーフコープ･サバイバルは世界滅亡に備えた地下バンカーを販売する企業。スコーピオンはその企業が作ったバンカーのセンサーや認証システムの検査を依頼される。だが、お抱えの心理学者がいるため、トビーはメンバーから外される。ハッピーとの新婚旅行で失敗が続き、落ち込んでいたところへ、仕事でもスタメンから外されるトビー。しかもお隣のフローレンスは今回の仕事に同行すると聞き、自尊心はズタズタ。トビーは我慢できず、外された仕事を偵察に行く。
