第1回 空の霊柩車
二年前、病院の屋上から飛び降りて死亡したと思われていたシャーロック。しかしそれは偽装で彼は生きていた。その間シャーロックはモリアーティの犯罪組織解体のため、マイクロフトのバックアップを得て、密かに活動を続けていたが、ついにその任務が完了。次の任務は、ロンドンに大規模なテロ攻撃を企てている地下組織を潰すこと。シャーロックはロンドンへ戻り、ジョンの前に再び姿を現す。
二年の間に、ジョンはベーカー街221bを出て、医師として診療所を開き、看護師メアリーと交際し、結婚を考えるようになっていた。シャーロックの死をなかなか受け入れられずに苦しみ抜いたジョンは、平然と現れたシャーロックを許せず、最初のうちは距離を置く。シャーロックは仕方なく、モリーを調査の相棒にしてみるが、うまくいかない。
そんな折り、ジョンが誘拐されるという事件が起きる。おりしもイギリスでは11月5日の「ガイ・フォークスの日」が迫っていた。その日は、子どもたちがガイ・フォークスを模した人形を町中を引き回し、最後はかがり火の中に投じて燃やすという習慣があり・・・