ポートランドのワイルドウッド･トレールという自然道から遺体が3体見つかり、犠牲者の恐怖を武器にするシリアル･キラーだと判断される。
“ダニエル･グレイソン研究所”の起工式を明日に控えた朝。再びエミリーへの“復讐”を企むヴィクトリアは「エミリーは刑務所へ行くべき」と憎しみを露わにし、彼女を徹底的に陥れる“証拠”を見つけようとベンやルイーズを脅し始める。その頃、エミリーは流産してしまったマルゴーへの償いのため、そして復讐を止めるためには“ダニエルの汚名をそそぐ”ことしかないと考えていた。しかしジャックやスティーヴィーばかりか、ノーランにまで「エミリー･ソーンの使命は父親の汚名をそそぐこと」と大反対されてしまう。
空き家となった納屋で3人の死体が発見され、捜査のためCBIが招集される。法医学的検査により、被害者は、25年前に死亡していることが明らかになる。現場に駆けつけたジェーンは、その納屋の持ち主がブレット･スタイルスだということを突き止めるが、同時に、納屋の壁に描かれた恐ろしいマークを発見する。ジェーンはついに宿敵レッド･ジョンの正体をつかむのだろうか。
前シーズンで犯人の銃弾を受けたリリーが職場へ復帰し、1994年に起きた男子小学生3人の撲殺事件の再捜査に着手しようとする。だが、銃撃で心に深い傷を負ったリリーはスティルマンと自分自身に対して、自分が捜査に耐えられる精神状態であることを証明する必要があった。そんな中、犯人として投獄されていた当時10代の不良少年2人の無実を示す証拠が見つかる。
ホリーの攻撃にサラとソールが反応する。ケヴィンは職場で初めて差別にあう。ジャスティンは、イラクで一緒に戦った兵士と遭遇する。
