ロサンゼルスでレイプ殺人が連続して発生。襲われた被害者像がまちまちで脈絡のない犯行に思われたが、すべて暗闇の中での犯行。2件目以降は輪番停電のスケジュールと合致していた。マスコミから「暗闇王子」と命名された犯人が巨大都市を恐怖に陥れる…。
武装した外国人グループが密入国者に紛れてメキシコ国境を越え、検問で止められた後に国境警備局の局員や他の密入国者たちを射殺して逃走。現場がペンドルトン基地に近いことからNCISが捜査を行うことになるが、サムが珍しく病欠すると言ってきたため、カレンはサムの船に様子を見に行く。その間、ディークスと共に現場を検証したケンジーは、唯一の生存者を発見。そして国土安全保障省から意外な助っ人がやってくる。
何かを探し求める謎の人物が、終末を迎えた世界で重要な資源をめぐる争いに巻き込まれる。