ノービス社の研究開発部の代表ヘイズが何者かに毒殺された。殺人と聞いて、ニールは顔を曇らせるが、国防契約をめぐって他社と争っていたことから、ピーターは産業スパイがらみの事件ではないかと疑う。容疑者は、会社の創立者でCEOのケント。監査が行われるため、会計学の学位を持つピーターが公認会計士を装い、潜入捜査をすると自ら買って出る。一方、消えたファウラーの行方を探るため、モジーとダイアナが協力する。
ある捜査で失敗を犯したため、ホームズの法を曲げる強引な捜査方法が審問にかけられ、ホームズとワトソンのニューヨーク市警の顧問という立場が危うくなる。
謎のヒーローによって、偽NCIS捜査官2人から救われたワシントンDCの議会スタッフが失踪し、NCISが捜査を始める。ラサールは兄の将来に関することで、人生が変わり得る決断をせねばならず悩み抜く。
人類滅亡を信じるカルト教団が集団自殺を計画。信者たちの救出は難航する。マットはコメディーの才能に自信を持つ。スティーヴィに年の離れた恋人がいることが発覚する。
エリンはある日、自宅に何者かが侵入していることに気づき、さらに同僚が襲われ恐怖を覚える。一方、ジェイミーとエディは年配の女性のアパートでパイプ爆弾を発見する。そしてフランクはNY市警名義で募金を集める慈善活動を調査する。