スペンサー・トリート・クラーク

家族ぐるみで付き合いのあった家の息子が重罪謀殺の容疑で警察に連行される。ピーターのスキャンダル発覚後、その両親はアリシア一家と縁を切っていたが、アリシアは弁護を引き受ける。

アルヴェスは前回の事件での貢献が認められ、肩書きと権限が回復しそうな兆し。しかし、正式な手続きが済むまではガルシアを手伝うように命じられる。そんな中、ニューハンプシャー州のプリマスで、夫婦が自宅で射殺され8歳の娘がさらわれる事件が連続して発生する。2つの家族につながりはなかったが、どちらも娘が養女だったことが判明。犯行動機は、問題のある保護者から養女を守るという使命感の可能性が浮上し……。

ウォード殺害の長官命令に失敗したハンターは任務から外される。その代わり、メイがシールドに完全復帰を果たす。復帰の理由はウォードがガーナー博士を殺そうとしたからだ。早速メイはモースを現場に復帰させ、2人で学生アレックスを装っていたウェルナー･フォン･ストラッカーを追う。その時、ウォードの部下たちも多くを知り過ぎたウェルナーを殺そうとしていることが判明。両者に追い詰められた彼は“ある衝撃の事実”を告げる。

インヒューマンズ対策のため大統領と密会するコールソン。シールドは密かに活動を続け、コールソンの下に新しいATCUの責任者をつけることで2人は合意する。一方、コロンビアのボゴタで、大量の武器が警察車両から一瞬にして奪われるという事件が発生。調査のため現地入りしたマックだったが、彼も武器同様に一瞬で消えてしまう事態に。やがて、シールドは防犯カメラ映像から、高速移動で武器を奪うインヒューマンズの姿を発見する。

フィッツからシモンズを飲み込んでしまったモノリスが“時空の扉”ではないかと告げられたコールソンは、その分野の第一人者ランドルフ教授に協力を仰ぐ。やがて、彼の目撃談をもとに英国のグロスタシャーの城へ向かったシールドは、奇妙な隠し部屋に辿り着くと、そこでモノリスを収納していたかのような“穴”と“ある機械”を見つけ…。一方、ウォードの殺害を長官から命じられたハンターは、ヒドラに潜入するため基地を後にする。

新チームの結成を急ぐデイジーは、ある日マックと共に新人勧誘に出かけると、コールソンからインヒューマンズが襲われたという連絡を受ける。2人が現場に駆けつけると、既に被害者3人は死亡しており、以前病院でリンカーンを襲った怪物が再び現れたことがわかる。現場で採取した怪物の毛束をDNA解析した結果、犯人はインヒューマンズと判明。そして被害者のPCを押収すると、元プログラマーのフライという男の存在が浮上する。