アルヴェスは前回の事件での貢献が認められ、肩書きと権限が回復しそうな兆し。しかし、正式な手続きが済むまではガルシアを手伝うように命じられる。そんな中、ニューハンプシャー州のプリマスで、夫婦が自宅で射殺され8歳の娘がさらわれる事件が連続して発生する。2つの家族につながりはなかったが、どちらも娘が養女だったことが判明。犯行動機は、問題のある保護者から養女を守るという使命感の可能性が浮上し……。
フィッツからシモンズを飲み込んでしまったモノリスが“時空の扉”ではないかと告げられたコールソンは、その分野の第一人者ランドルフ教授に協力を仰ぐ。やがて、彼の目撃談をもとに英国のグロスタシャーの城へ向かったシールドは、奇妙な隠し部屋に辿り着くと、そこでモノリスを収納していたかのような“穴”と“ある機械”を見つけ…。一方、ウォードの殺害を長官から命じられたハンターは、ヒドラに潜入するため基地を後にする。
インヒューマンズ対策のため大統領と密会するコールソン。シールドは密かに活動を続け、コールソンの下に新しいATCUの責任者をつけることで2人は合意する。一方、コロンビアのボゴタで、大量の武器が警察車両から一瞬にして奪われるという事件が発生。調査のため現地入りしたマックだったが、彼も武器同様に一瞬で消えてしまう事態に。やがて、シールドは防犯カメラ映像から、高速移動で武器を奪うインヒューマンズの姿を発見する。
ウォード殺害の長官命令に失敗したハンターは任務から外される。その代わり、メイがシールドに完全復帰を果たす。復帰の理由はウォードがガーナー博士を殺そうとしたからだ。早速メイはモースを現場に復帰させ、2人で学生アレックスを装っていたウェルナー･フォン･ストラッカーを追う。その時、ウォードの部下たちも多くを知り過ぎたウェルナーを殺そうとしていることが判明。両者に追い詰められた彼は“ある衝撃の事実”を告げる。
新チームの結成を急ぐデイジーは、ある日マックと共に新人勧誘に出かけると、コールソンからインヒューマンズが襲われたという連絡を受ける。2人が現場に駆けつけると、既に被害者3人は死亡しており、以前病院でリンカーンを襲った怪物が再び現れたことがわかる。現場で採取した怪物の毛束をDNA解析した結果、犯人はインヒューマンズと判明。そして被害者のPCを押収すると、元プログラマーのフライという男の存在が浮上する。
