アリゾナ州の荒野で監禁状態から逃げてきた少年が保護された同じ夜、フラッグスタッフで13歳のビリーが失踪した。アリゾナ州の誘拐率は最も低いため2つの事件は関係があるとBAUは考えた。病院に運ばれた少年は重度の条件性情動反応を起こし、人を寄せ付けず、記憶を語る言葉さえ失っていた。一方、ニュースを見たサマンサ･アレンという女性が地元警察に現れ、「30年前、鎖でつながれた少年を見た」と届け出たが、署内にあった父親JB･アレンの写真を見て姿を消した。彼女の記憶に犯人の手掛かりが…。
NCISはFBIやMI6と連携して事件の真犯人を追うが、その最中にジヴァが住んでいる農場が爆発したというニュースが入り…。今、シーズン13が衝撃のフィナーレを迎える。
ある未解決事件に新たな手掛かりが見つかり、FBIは捜査官を総動員して捜査にあたることになる。そしてリズボンは、パイクとワシントンD.C.へ発つという計画を延期しなければならなくなる。そんな中、ジェーンは、リズボンに対する自分の気持ちを正直に打ち明けようと決意する。シックス･シーズン フィナーレ。ジェーンの大胆な行動がまたも周囲を驚かせる。
サイラスはフランキー暗殺の首謀者として連邦刑務所に収監される。別棟に収監されているトムに手紙を書いたサイラスは、供述を撤回させようと画策する。一方、メリーはサイラスの転落で次期大統領の座が確実となり、事務所もお祝いムードになる。そんな中、ハックは山小屋で殺されたジェニファーの事件が宙に浮いていることを指摘。オリヴィアはサイラスがジェニファーをトムに殺させた証拠を見つけるよう指示し……。
ヒロとアンドウが、マット･ジュニアを救う。マットとモヒンダーはダフニを救出しようとする。トレイシーに救いを求める反逆者。HRGは、反逆者を捕まえるためにトレイシーをおとりにしようと考える。
