大下は、密告電話により連続爆破事件の容疑者吉野を逮捕。だが、追跡中に潜伏先から無線爆弾と改造拳銃が忽然と消えてしまう。間もなくデート喫茶パピヨン前の路上で爆弾が爆発し通行人が即死。続けてパピヨンのマスター･堂本が、港警察署の前で撃たれて死亡する。犯人は吉野が後継者として任せたつもりの少年今村だった。

港署の給料日。鷹山と大下は、町田に借金を返すため3人で銀行へ行くが、そこで銀行強盗に遭遇。犯人の一人を取り押さえるが、逆に町田を拉致して船で運河を逃げ去ってしまう。捕まえた依田の自供で主犯は、相沢ら元サラ金の取立て屋と判明する。そこへ、相沢たちから電話が入り、町田の命と5千万円の交換を要求してくる。

鷹山らがヤクザの新庄を逮捕するが、何者かに狙撃され、新庄は死亡する。使用されたのは、改造拳銃。そんな中、薫ら少年課と交通課合同の暴走族取締りの最中、暴走族ヘッドの荒木が銃撃されて死ぬ。同じ改造拳銃の犯行だった。鷹山は、殺された二人のつながりを調べ、二人ともOL野本との交際関係があったことを知る。

大下は、山下公園から何者かに追われているという少女美由紀と知り合う。間もなく、山下公園で男の射殺死体が発見される。翌日、現場検証の最中、美由紀から大下に電話が入り、車に襲われそうになったという。現場に急行する大下と鷹山は、美由紀がこの事件を目撃したと思われ、犯人に狙われているものと推測する。

元町の石塚宝石店に強盗が入るが、店主の石塚は被害はないという。間もなく侵入の手口から犯人は、前科三犯の中沢だと判明する。夕方、港署に中沢から電話が入り、妻のヨリカを人質にとったヤクザ島崎の指示でやむなくやったという。翌朝、中沢の惨殺死体が本牧埠頭に浮かぶ。薫がヨリカの過去を調べると…。

バーの経営者永井が銃殺され、ホステス緑の証言で、宮本が逮捕される。そこに、宮本釈放の脅迫電話が入る。釈放しなければ、無差別銃撃を行うという。脅迫者は前科者の金森と判明し、宮本は3年前の宝石強盗が永井と金森との共犯であることを証言する。指定場所に宮本を連れていくが、金森も何者かに銃殺されてしまう。