世紀の大怪盗ジゴマが世間を騒がせていた。刑事を父に持つ辻タカシは同じクラスのトシカズ、ノボル、ゲンタ、カオリとともに探偵団を結成する。彼らにとっての心の拠り所は、いつも相談に乗ってくれる自称･推理作家の「シャーロックおじさん」。タカシたちはおじさんに「ジゴマに会う方法」についてのアドバイスを求めた。

探偵団を結成したタカシたちにとって、当面の悩みは自分たちだけが使える秘密のアジトがないことだった。途方に暮れる5人だったが、諦めずに探していく中で、ついにうってつけの場所を見つけた。それは、なぜか河原の埋め立て地に埋まっていた、第2次世界大戦で使われたと思われるドイツのUボート (潜水艦) だった。

町の焼肉屋にジゴマが現れ、白昼堂々、カルビを食い逃げした? この事件の推理で辻刑事と息子･タカシは真っ向から対立。結局、焼肉屋の主人の狂言だというタカシの推理に軍配が上がった。しかしメンツをつぶされた辻刑事は激怒。タカシに対して「探偵団などやめてしまえ」と告げる。これに激しく反発したタカシたちは……。

タカシたち4人はまた篠塚先生から放課後、呼び出された。そのため彼らは探偵団のアジトであるUボートの掃除をカオリひとりに押しつける。納得がいかないながらもアジトへとやって来たカオリ。すると、そこへジゴマからFAXが送られてきた。「オランダのモリノメガミ」と書かれたそれは、ジゴマからの挑戦状に違いない!

音楽においては日本一の伝統と権威を誇る大日本芸術大学には、古今の名楽器の数々が集められていた。その中には、時価2億円と言われる名器･ストラディヴァリウスもあったが、ジゴマはこれをまんまと盗んでしまう。この事件を受け、ゲンタは「ジゴマ探知器」を完成させると宣言。しかし、そんなものが本当にできるのか?

タカシたちのクラスには、大金持ちの息子･満男がいた。満男から父親がやっている寿司屋のことをバカにされて、怒るノボル。だが、そんなとき、ジゴマが満男の家に行くと予告してきた。満男の家ではその日、全日本グルメ選手権なる催しが開かれることになっていたのだ。ジゴマが目をつけたのは、3000万円のキャビアだった。