「俺は今、異世界を……ひとりぼっちで攻略している」 クラスメイトたちが仲の良いグループで思い思いに過ごす高校の教室に、突如魔法陣の光が輝き、クラス丸ごと異世界召喚されてしまう。敢えて”ぼっち”な時間を満喫していた高校生の遥も例外ではなく……しかも、逃げのびようと悪あがきをしてしまったために、神様からのスキル選択に出遅れ――!? チートスキルは早い者勝ちで、すでに取りつくされており、残りは役に立たないバッドスキルばかり。神様に異議を申し立てていたら、残りのバッドスキルを全て押し付けられてしまう。そして、スキル『ぼっち』のせいでパーティーが組めず一人で冒険を強いられるが、遥は快適なぼっちライフを送るべく準備に取り掛かるのだった。

「ひとりぼっちで……異世界攻略してやるんだ！」 ”ぼっち”で異世界を満喫することを決意した遥。そんな彼の前にクラスメイトの不良たちが現れ、スキルで女子たちを手込めにしようとする企みを聞いてしまう。さらに遥の住む洞窟の前で、仲の良かったオタたちがゴブリンと戦闘を繰り広げていたところに出くわし、加勢して迎撃に成功。その後事情を聞いてみると、クラスメイトの異世界での生活の拠点を不良たちが破壊したことでクラスの結束は崩壊、その責任をオタたちがクラスメイトから押し付けられ、拠点から追放されたようで――!? 知ってしまったからには、遥はクラスメイトの様子をこっそり見に行こうとするが、目の前に委員長が現れる。

「この解放感と孤立感！こんな幸せはぼっちにしかわかるまい！」 オタたちと別れぼっちに戻ったはずが、今度はオタたちに謝りたいとやってきたギャルたちを何故か使役してしまい、再びぼっち生活から遠ざかってしまう。さらに委員長率いる女子クラスメイトたちとも遭遇してしまった遥は、彼女らの勢いに負け、自慢の異世界の家に招待する事態に――!? 委員長の話によるとオタたちが去った後、女子だけでサバイバル生活を送ってきたようで……。女子たちは、遥の家の綺麗なお風呂や美味しい食事で大はしゃぎ！ さらには、委員長の圧により女子たちのレベルアップに付き合い、街へも一緒に行くことに。

「まあ、バッドスキルも使いようって感じ？」 遥と女子たちは街を目指し、森を抜けるための旅を始める。その道中、遥は脳筋莫迦たちと出会い、不良たちを見張っていた彼らから恐ろしい「強奪」というスキルの持ち主がいることを聞く。翌朝、その話を陰で聞いていた委員長に呼び出され、「強奪」を持っているのは自分だという告白を受ける。皆に知られたら怖がられてしまう、と不安を抱えていた彼女は「スキルを保持しているのが委員長で安心した」という遥の言葉に安堵し涙するのだった。その後、旅を効率良く進めるために遥は新たなスキルを習得、偵察に出た先で魔物に襲われている異世界人のパーティーを発見し――。

「俺はいつまでたっても『にーと』なんだ……う、くう……」 無事にオムイの街に到着し、女子たちは大はしゃぎ。早速冒険者になるために遥と委員長たちがギルドへ向かい、続々と冒険者登録を済ませていくが、レベル10以下では冒険者になれないことが判明。レベルが10に達していない遥は冒険者になれず、さらにはパーティーに所属していることまで条件と言われ落ち込むのだった。翌日これまでに入手した大量の魔石を鑑定に出し大金を受け取った遥は、怪しげな武器屋を紹介される。時間を忘れ物色していると、うっかりいくつものアイテムを複合してしまい、有り金全てを失ってしまう。再び魔石を集めるため、委員長の目を盗みこっそり森に帰ろうとするが……。

「ぼっちにだって…守るものはあんだよ…！」 オムイの領主の娘・メリエールを盗賊から救い出した遥。お礼をすると言われ、せっかく抜け出したオムイの街に戻ることになってしまうも、領主の館で報酬と、さらに身分証までGET！ 翌日、委員長から叱られ街からの外出禁止を言い渡される遥だったが、女子たちがレベルアップに向かった隙に再び抜け出すことに成功する。森への道中、不審な血痕を見つけた遙が痕跡を辿っていくと、瀕死の脳筋莫迦たちを発見。ポーションで回復した脳筋たちから、委員長の「強奪」スキルを狙っている生徒の名前が明かされ――。委員長や他の女子たちが危険に晒される前に犯人を倒すために、遥は凶悪な魔物たちと対峙しレベルアップを図るのだった。