日向咲はソフトボール部で活躍する元気印の女の子。新学期になったばかりのある日、咲はお気に入りの場所である大空の樹の下で、見慣れない少女と出会う。彼女は美翔舞、咲と同じ中学二年生だった。咲も舞も互いに過去に会った記憶があるのだが、どうしても思い出すことができない。その時、空から二匹のヘンな生き物が降ってくる。花の精・フラッピと鳥の精・チョッピだ。フラッピとチョッピの出現によって、咲と舞は初めて出逢った時の記憶を取り戻す。幼い頃の夏祭りの夜、二人は流れ星となって空を飛んでいたフラッピとチョッピを追って、同時にこの大空の樹の下に辿り着いたのだった。 運命はその時、すでに動き始めていたのかもしれない。突如として空が曇り、謎の戦士・カレハーンが出現する。フラッピとチョッピを追ってきたのだ。痛めつけられるフラッピとチョッピを見た咲と舞は、渡されたプリキュアダイヤを使い、伝説の戦士キュアブルームとキュアイーグレットに変身する。精霊の導きのまま、今、戦いの幕が上がる！