妖怪が“特定種族”として、人間社会にそれなりに溶け込んでいる、のどかな田舎町・鮎川町。夏のある日、人間、妖怪の一環教育を実践するマガ校（大曲垣峠中等教育総合校）に転校生がやってきた。転校生の“ぺと子”は、いとしいものと触れあうと、「ぺとっ」とくっついてしまう、妖怪「ぺとぺとさん」の女の子。ぺと子ははりきって臨んだ水泳の授業中に、クラスメイトのシンゴとぺとってしまい、スクール水着が脱げなくなってしまう！？
ぺと子が抱きついてもぺとらない唯一の友達、ぬりちゃんはぬりかべだけあって夏でもひんやり。そんなぬりちゃんに女子生徒たちが抱きついて頬ずりするなか、ぺと子だけはなぜか周囲を用心深く見回したり、窓の外をきょろきょろ眺めたりと様子がおかしい。不思議に思ったシンゴがたずねると、ぺと子は最近誰かに後をつけられているという。その日の帰り道、シンゴとぺと子の後ろからぺっちぺっちと怪しい足音が聞こえてきて…。
コンビニでの一件から一夜明けて、シンゴはぐったりと寝不足気味。そんなシンゴと妖怪れろれろの赤沢とのヘンな様子に気付いたカッパ娘のくぐるはシンゴに何があったのかと問い詰める。一方、ぺと子が生まれて初めて受ける期末テストの最中に、シンゴはある異変に気付く。異変の原因を知ったシンゴは、くぐるやぬりちゃんといっしょに、解決のための奮闘を始めるのだった。
学校を休んだぺと子に給食のパンを届けに来たシンゴだが、そこにぺと子はいなかった。心配するシンゴの耳に川の方から風に乗って奇妙な音が聞こえてくる。音につられてやってきたシンゴは川沿いの草むらにガラクタのオブジェを見つける。そこにいたのはぺと子と同じく学校を休んでいたくぐるだった。友里先生の家まで案内してほしいとシンゴに頼んだくぐるの手には、鋭いナタが。理由が分からないままシンゴは、満福寺へと導く。
くぐるとその妹・ちょちょ丸による姉妹抗争はぺと子の乱入（？）により一旦水入りを迎えたが、正義と真実の人・ぺと子は話に決着をつけるべく単身ちょちょ丸の元へと乗り込んでいく。一方、鮎川町では一大イベントのミスにょみの里コンテスト、略して「ミにょコン」が開催されようとしていた。すっかりお祭りムードで盛り上がる会場だったが、そこに数台の高級車とともにちょちょ丸が現れ、自分も「ミにょコン」に参加すると言うのだが…。
「ミにょコン」で周囲に牙をむいたちょちょ丸を止めるべく、満福寺から鮎川文化会館の舞台に駆けつけたくぐる。舞台上で再び対峙する姉と妹。ぺと子たちが間に割って入ろうとするが、くぐるとちょちょ丸は、これはあくまでも姉妹の問題だと周りを寄せ付けようとしない。やがて二人の決闘が始まり、ちょちょ丸の爪とくぐるの鉈が相まみえる。しかし、ちょちょ丸にとって、この闘いは単なる決闘ではなかったのだった。
