再び現れたるるもから彼女の魔法が自由に使える「魔法のチケット」をもらった耕太。チケットを人間に使い切らせることが、格下げされた彼女の修行だった。チケットを使い果たしたとき、持ち主が死んでしまうことをるるもは知らない。そのことをるるものチロから聞かされた耕太は、二度とチケットを使うまいと誓う。ある日、「MJ（未確認人物）の正体を暴く」ために公園に向かった耕太とFHKのメンバーは、テント生活をしていたるるもを発見。彼女の着替え姿を撮影しようとする部員たちを止めるため、耕太は魔法を使ってしまう。修行が終わるまでるるもが魔界に帰れないことを知った耕太は、彼女を自宅に連れ帰ることにしたのだが…。

記憶改ざん魔法の力により、るるもは耕太の妹として柴木家で暮らすことになった。ひとつ屋根の下で暮らしながらも、「妹」であるため何もできないと悶々とする耕太。一方のるるもは、「浮かれている自分を戒めるため」に耕太たちの高校の学食で働き始めるものの、慣れない仕事に失敗ばかりを繰り返していた。自分の命を失うことに繋がるため、チケットを使うことでるるもの修行に協力するわけにはいかない耕太は、せめてそんな彼女の力になろうとする。その頃、FHKに初の女子入部希望者・鯨井棚子が現れる。棚子は1年生の中でもとくにカワイイと耕太たちが目をつけていた女子だったが、自らを魔法少女だと宣言するのだったが…。

校内を厳しく取り締まり、違反者には鉄拳制裁をも辞さない西高生徒会直属、風紀委員。その一員である井上澄子は耕太の小学生のときからの幼なじみで、彼のことを「ヘンタイシバキ」と目の敵にしていた。そんな彼女に、全校男子の家に置けないお宝を一括管理し、共有財産として貸し出しするスーパーコレクション「シバライブラリー」が目をつけられる。次々と没収されていくコレクション、迫り来る持ちもの検査。お宝を守るために、耕太は立ち上がる。同じ頃、元気のないるるもの様子を心配したチロが、人間の姿になって学校に潜り込み、騒動を巻き起こす。果たして耕太は、澄子からお宝を守ることができるのだろうか。

とある夏の日曜日。家の掃除をしようとするもののまたしても失敗ばかりのるるもだったが、祖母の家で農作業を手伝う耕太の忘れ物を届けることになった。耕太の高校の友人・知人に目撃されたり、出くわしたりしながら、電車に乗るための「切手」を買いに郵便局に向かうるるも。道に迷ったり、魔女服のおかげで不審者扱いされたり、切手で改札を抜けようとして駅員とひと悶着があったり、また道に迷ったりと、なかなか耕太の元に辿りつけない。チロともはぐれ、危機に陥ってしまったるるもを助けるため、耕太は……。

落ちていたグラビア雑誌を拾おうとしているところを下級生に目撃された耕太。それをごまかそうとしたことがきっかけで、三匹の捨て猫を家に連れて帰ることに。しかし動物嫌いの母親に見つかってしまい、里親が見つかるまでの間、学校で飼うことにする。動物を飼うことに憧れていたという耕太が仔猫たちを可愛がる様子を見て、耕太の優しさに感心するるるも。チロも憎まれ口をたたきながらも、母猫のように甲斐甲斐しく三匹の面倒を見る。チロもまた、捨てられていたところをるるもに拾われた過去があったのだ。夜になり、雨が激しくなり、子猫たちを心配した耕太は、学校から三匹を連れて家に帰るのだが……。