都立程久保高校二年の川島みなみは、入院した親友・宮田夕紀の代わりに弱小野球部にマネージャーとして入部する。無謀にも野球部を甲子園に連れて行くと宣言するみなみだが、何をすれば良いのか見当もつかない。その時、書店でマネージャーの入門書として手にしたのが経営学の大家ドラッカーの『マネジメント』だった。『マネジメント』に書かれた企業経営や組織論のエッセンスを高校野球に応用し、みなみはマネージャーの仕事に挑戦する。

程高野球部のマネージャーとなったみなみだったが、選手一人一人のことがわからずコミュニケーションがとれないままだった。更にエースピッチャーの浅野が練習に来ないのに監督の加地はなにも言わない。そして同じマネージャーの北条文乃はみなみがなにかを聞いても逃げてしまう状態だった。頼りの『マネジメント』でこの状況を打破しようと考えるみなみ。だが程高野球部は問題だらけのまま秋季大会を迎えてしまうのであった。

試合と合宿以外は野球部に来なかったエース・浅野が秋季大会を切っ掛けに気持ちを入れ替え練習に参加するようになる。その姿に触発されて程高野球部員たちも練習に熱が入りようになる。チームが一つになったかのように感じるみなみ。だが試験週間を過ぎると、だらけた練習が続く野球部に戻ってしまい、その上エラーをした祐之助は練習に顔を出さなくなってしまう。どうしたら練習に身が入るのかみなみは考え始めるのだった。

みなみを中心とするマネジメントチームが作った新たな練習方法に、実戦を積む中で確かな手ごたえを感じる程高野球部のナインたち。だがその中で、練習すればするほど他の部員たちとの差が開いていくことを実感せずにはいられなかった補欠の二階は、ある一大決心をする。一方、みなみは野球部とそれを取り巻く現状とが変ろうとしていく中で甲子園への壁という現実を見据え、今こそ大胆な手を打つチャンスにしようとしていた。

四月となり、三年生になったみなみたちは甲子園出場をかけた最後の夏までのわずかな期間を有効に使うために『ノーバント・ノーボール作戦』にポイントを絞った練習を始める。そんな程高野球部には、評判を聞きつけた新入生たちの入部希望が殺到するが、増えすぎた部員のせいで練習に支障がでないか懸念されるようになる。加地に人事担当に任命されたみなみは、程高野球部に必要な人材とはどんな人材なのかを考えて悩み始める。