時は明治。日露戦争の只中、馬飼新太郎は教師として「天乃原女学院」に赴任することになった。担当する生徒たちは、年齢や育った環境が異った五人の個性豊かな少女たち。校舎が地下にあったりと、変わった環境に戸惑いながらも、教師として頑張ろうと思う新太郎。そんな中、突如校舎内にサイレンが響き渡る…。

状況に戸惑いながらも、授業を始める新太郎。しかし教室にサイレンが鳴り響き、五人の少女たちはまた戦闘へ向かってしまう。呆然としているところへ、突然目の前に三つ子が現れた。助けを求める三人に導かれ、新太郎は神殿へ辿り着く。そこには「九鬼様」と呼ばれる、神秘的に眠る少女の姿があった…。

新太郎はらいむ隊の隊長に就任したが、上手く指揮することが出来ない。そこで麻とこっそり剣の訓練をすることに。しかしこれが思わぬ誤解を生み、麻の親友・絹は新太郎を憎む始末。そして麻もまた新太郎と絹が一緒にいる姿を見て、二人の仲を誤解する。そんな中、再び敵が襲ってきた。麻は自分の気持ちに戸惑いながら、一人で戦いに挑もうとするが…。

更紗ご自慢の懐中時計が盗まれた!? 更紗と木綿が一緒にお風呂に入っている間に盗まれたらしい。愛犬アンジーを従え、自ら探偵となり犯人探しにやっきになる更紗。らいむ隊のみんなに次々と疑いの目を向ける。そして綸子が何かを隠す姿を見た更紗は、彼女が犯人ではないかと思い込み…。

ロシアとの戦いが激化する中、一人思い悩む木綿。彼女の礼武だけが足軽のまま、成長する気配がない。新太郎はその様子を見て、どうにかして自信を取り戻させたいと考えていた。その折、針路変更を余儀なくされてた戦艦天乃原は、偶然木綿の故郷に降り立つことに。そこで新太郎は、木綿を案内役に課外授業をするのだが…。

終わりの見えないこの戦いに、束の間の休息が訪れた。休日を楽しむ五人の少女たち。海では、お互いの水着姿を比べ合ってケンカになったり、旅館では麻と更紗が料理の取り合いを始めたりと大騒ぎ。そして夜も更けたころ、新太郎が星を見上げて思うこととは…。