斗南大付属高校3年の相原琴子は落ちこぼれのF組だが、優秀クラスA組の中でIQ200と噂される入江直樹に2年間片想いしている。告白を決意した琴子はラブレターを渡すが、「いらない」とあっさりフラれてしまう。傷心の琴子は父と新居に引っ越すが、流星群が落ち倒壊。そこで父の親友の家に居候させてもらうことになるが・・・。

入江家に居候することになった琴子だが、相変わらずつれないクールな直樹。娘がほしかった直樹の母・紀子は琴子を大歓迎する。紀子から、幼い直樹が女装させられていた写真をもらった琴子。女装した過去という直樹の弱みを握った琴子は、次の期末テストで100番以内に入るために勉強を教えて欲しいと直樹に迫る。

学校中に同棲がバレたことで不機嫌な直樹に冷たくされ落ち込む琴子。だが、入江家に偵察に来た金ちゃんに対し、「今日は嫌いでも明日は好きになっているかもしれない」という直樹に少しだけ琴子は期待する。夏休み最後の日、家族みんなが出かけ、直樹と二人っきりの夜を過ごすことになった琴子は・・・。

受験シーズン、琴子は斗南大学への内部進学が決まる。一方直樹は将来やりたいことがないと、いまいちやる気がないが、父の勧めでセンター試験を受ける。試験当日、琴子お手製のお守りのせいで、直樹は散々な一日を過ごす。東大受験当日は直樹を試験会場までつけてきた琴子だったが、門のところで腹痛で倒れてしまう。

卒業式、直樹も内部進学が決まるが、進学できない金ちゃんは琴子との将来を考え就職を決意する。謝恩会が同じ会場になってしまったF組とA組は一触即発の険悪なムードに。やがて直樹は皆の前で琴子をからかい始め、仕返しに琴子は直樹の女装写真を暴露してしまう。怒った直樹は琴子を呼び出し突然キスをする。

キスの後、直樹とは何の進展もなく大学生になった琴子。大学では強力な恋のライバル松本裕子が現れる。学部も離れ、焦った琴子は何とか直樹に近づこうと、同じテニス部に入部するも練習についていけない。ある夜、父から直樹への片想いをあきらめるためにも入江家を出ようと言われた琴子はショックを受ける。