のどかな孤島・伊那国島で暮らす稲森明日人は、サッカー部が大好きな中学2年生。しかし、全サッカーチームにスポンサーをつけることが義務付けられた「スポンサー制度」が始まり、スポンサーのいない伊那国中のサッカー部は、突如廃部の危機にさらされる。さらに、入院中の明日人の母の容態が悪化し、帰らぬ人に…。失意のどん底へと突き落とされた明日人だったが、サッカー部廃部を免れるための唯一の道が開ける。それは、サッカー日本一を決める大会「フットボールフロンティア」に出場して1勝を上げること。だが、フットボールフロンティアは出場資格を得るのさえも難しい大会だ。それでも諦めない明日人たちのために、伊那国中の冬海校長は、東京のサッカー強豪校でフットボールフロンティアへの出場権を有する「雷門中」へ編入する手配を進めてくれていた。しかし、雷門中の1回戦の相手が全国ランク1位の星章学園だと聞き、怖気づくイレブン…。途方に暮れる彼らの前に、サッカー部へ入部予定の転校生・小僧丸サスケが現れる。小僧丸は「戦うことにすらビビっているなら、早く辞退してサッカー以外の楽しみを探せ」と、明日人たちに言い捨てるが…。

“新・雷門イレブン”となった明日人たちは、謎の中国人監督・趙金雲の指導のもと、一週間後に迫る星章学園との試合に向けて特訓メニューを消化することに。だがその内容は、ランニング100往復、坂の昇り降り100回、タイヤ引き100周…など、体力づくりのメニューばかり。超強豪の星章学園に勝つために、もっと実践的な特訓がしたいと訴えるイレブンに対して監督は、「サッカーを続けていくためには、負けなければいい」と言い、聞く耳を持たない。超ハードな練習をこなし、毎日ヘトヘトになるイレブン。だが、たくさんの声援をもらい、街の人々にとってサッカーがいかに大切なものなのかを実感するのだった。そうして迎えた予選当日。果敢な攻撃で1点を先制した雷門は、星章学園のエースストライカー・灰崎を奮い立たせ、必殺技「デスゾーン」を発動させてしまう。星章学園の猛攻に翻弄される雷門イレブンは……!?

大手旅行会社「アイランド観光」のスポンサードを受けられることになり、雷門イレブンはサッカーが続けられる喜びを噛みしめる。さらに予選で同ブロックの6チームと対戦し、勝ち点が2位までに入れば、フットボールフロンティア本戦へ進めるという! 本戦出場の夢も、まだ絶たれていない…明日人たちは残り全試合での勝利を目指し、猛特訓に励む決意をする。一週間後に迫る次の試合の対戦相手は、完璧な防御の“要塞守備”に定評がある、美濃道三中だ。しかし監督が発表した特訓内容は、“守備を固めまくること”。攻撃の特訓をするべきだと小僧丸は反論するが、またも聞く耳を持たない。さらに、謎のくじで当たりを引いた氷浦と岩戸に至っては、特訓さえもしなくていいと言われるが…?

Aブロック予選第二試合、雷門中VS美濃道三中がついにキックオフ! ここで勝ち点を上げなければ本戦出場が絶望的になってしまう雷門中だが、序盤から美濃道三中の守備の徹底ぶりに圧倒される。にもかかわらず、イレブンバンドに表示された監督からの指示は、「まもりオンリーで♥」というもの。互いに防御ばかりで、試合は早くも膠着状態に陥る。明日人や剛陣が攻撃を仕掛けようとするが、美濃道三中のディフェンダー陣に弾かれ、ことごとく“要塞”に倒されてしまうのであった。そして、両校無得点のまま前半が終了。攻撃をしたい剛陣が監督に「勝つのとは反対の指示ばかり出す」と怒りを露わにしているのを聞いた小僧丸は、以前ある人物から言われた言葉を思い出す。果たして雷門イレブンは、“要塞”を崩すことができるのか!?

文武両道の名門校、星章学園。木戸川清修中との予選試合を明日に控えているサッカー部だが、自ら孤立する灰崎は練習に出ようとせず、気分が乗らないので試合にも出場しないつもりでいた。放課後、幼馴染の宮野茜を見舞うため、病院を訪れた灰崎。相変わらず心を閉ざし続ける茜を見て灰崎は、彼女の心を壊した「アレスの天秤」へ、サッカーで復讐することを改めて誓うのだった。そんなとき病室のテレビで、木戸川清修中の特集が。インタビューで、エースストライカーの豪炎寺修也が自分を挑発しているのを見て、灰崎は明日の予選試合へ出場することを決める。だが試合当日、星章学園のピッチの絶対指導者･鬼道が立てた作戦は、意外なものだった…!?

星章学園VS木戸川清修中の戦い。豪炎寺の「ファイアトルネード」に圧倒され、先制を許したゴールキーパーの灰崎は、悔しさと怒りを露わにする。鬼道が元チームメイトの豪炎寺と激しいマッチアップを展開し、反撃に転じたい星章学園イレブン。しかし高度な連携プレイを見せる木戸川清修中を前に、まったくついていくことができない。そして木戸川清修のオーバーライド技「爆熱ストーム」を受け、灰崎はまたしても得点を許してしまうのであった。なぜフォワードの自分をゴールキーパーにするのか…怒りが収まらず、鬼道に詰め寄る灰崎。だが鬼道は、「なぜ自分がゴールキーパーなのかわからなければ、フォワードに戻っても豪炎寺には勝てない」と言う。